Общее представление о времени и сюжете:
Наша игра берет свое начало сразу после событий Шиппудена, когда Наруто спасает Сабаку но Гаару от смерти. Однохвостый биджу, Шуукаку, теперь в лапах у Акацук, некой преступной организации, цель которой – захват мира. Для этого им всего лишь требуется завладеть хвостатыми демонами, девятью чудовищами, некоторые из которых запечатаны в людях. Но, об этом чуть позже. Итак, Гаара спасен (к сведению, Акацукам удалось выудить из него Шуукаку). Теперь он может спокойно «зализывать раны» у себя в деревне. Поддерживают юного Казекаге Сабаку но Темари и Сабаку но Канкуро.

Новая опасность:
Тем временем, вернувшись в страну Листа, Наруто докладывает об успешно выполненной миссии Хокаге, Тсунаде. Кажется, причин для волнения нет. Но, все далеко не так просто. Дело в том, что за последнее время (а точнее за время отсутствия владельца девятихвостого) правительнице Конохи все чаще стали поступать сведения о нукэнинах, которые по силам во многом превосходят чуунинов, а порой и джоунинов. Также та новость, что все предатели начинают объединяться и планируют отомстить за изгнание, еще больше начинает волновать. Ясное дело, у каждого нукэнина своя причина на уничтожение Конохи: одни поступают так мести ради, другие же стремятся поквитаться с отдельными лицами. Цели каждого не столько важны, главным является то, что они уплотнили отступников и объединили в одну общую – разрушение и порабощение Конохи.

Замыслы Орочимару:
Оказывается, не только Орочимару теперь нацелен на деревню. Но, не думайте, что в это время он бездействует. Разрабатывая новый план уничтожения Конохи, он пока таится в тени и поджидает подходящий момент. И снова-таки, нукэнины, в случае нападения на селение Листа, сыграют ему только на руку, расчистив дорогу к главной цели – Хокаге. Разом с тем, Саске изнуряет жаждой силы своего учителя, а Кабуто, правая рука Орочимару, во всем пытается угодить саннину.

Акацуки не дремлют:
Одновременно со всеми событиями, Акацуки тоже не бездействуют. Лидер явно заинтересовался девятихвостым биджу, который сейчас запечатан в том же теле Узумаки Наруто. Так, он начинает тщательно разрабатывать план по поимке, ведь сейчас Наруто находится под надежной опекой Листа и всех тамошних шиноби. Захватить носителя желанного демона будет не так-то просто. В скором времени Пейн отправляет нескольких преступников с целью шпионажа и разведки для дальнейшего успеха.

Решение Хокаге:
Итак, хорошенько всё обдумав и взвесив, Тсунаде пришла к выводу, что с тем количеством шиноби и их силой Конохе грозит неминуемая опасность. АНБУ нуждается в безоговорочном пополнении, а некоторые ниндзя Листа сейчас пребывают в Суне, оказывая помощь в обороне селения на время восстановления Казекаге. Да и тот факт, что многие специальные отряды АНБУ не смогут противостоять нукэнинам, а уж тем более преступникам S-ранга был неоспорим. В связи с этим, Хокаге решила открыть на время некую академию, где все бы молодые шиноби обучались и достигали большего развития и силы. Обучение здесь было не обычным. Любой, от генина до джоунина , мог получить здесь необходимые знания о нукэнинах, а также об организации Акацуки (даже в силу ограниченной информации). Осознавая всю серьезность положения, Тсунаде разрешила обучать желающих запретным техникам, однако поставила строжайший запрет на их использования без веской на то причины. Все в селении решают для себя, стоит ли тратить время на личные тренировки или предоставить себя мудрым и сильным учителям академии. К слову, Тсунаде тоже заняла место одного из сенсеев (по грубой силе  ).